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跨物种比较分析（比较基因组学、性状相关、泛基因组、多组学）中判断何时必须控制系统发育非独立性、选用哪种方法、如何处理基因/基因组层级的伪重复，并识别常见错误做法。依据 Dewar 等 2025 综述。